Pikmin sur Wii est un jeu de réflexion et d'exploration. Le capitaine Olimar s'est écrasé sur une planète étrange et son vaisseau n'est pas en état pour décoller à nouveau. Il fait alors la connaissance d'étranges créatures multicolores qui naissent dans le sol. Ne rechignant pas à la tâche, Olimar prend le contrôle de ces dernières et part à la recherche des pièces éparpillées de son vaisseau.