Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie, April O'Neil, les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime, mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.