Vous êtes Alex Mercer, le Prototype, un guerrier avec des aptitudes au combats proprements stupéfiantes, transformant votre corps entier en armes biologiques mortelles. A la recherche de votre ancienne vie, dans le dédale des rue sombres de New York, vous interceptez toute forme de vie ayant un prôche ou lointain rappoprt avec votre passé, usant d'un véritable arsenal de destruction...