La guerre entre les forces de Véga et Goldorak est un lointain souvenir. Actarus et sa soeur sont repartis sur Euphor tandis qu'Alcor et Vénusia tentent de mener une vie normale. Jusqu'au jour où, issu des confins de l'espace, surgit le plus puissant des Golgoths, Hydragon. Un ennemi que seul Goldorak pourrait abattre...