Depuis des siècles, des créatures fantastiques se cachent dans un refuge secret, Fablehaven, pour échapper à l'extinction qui les menace. Kendra et Seth apprennent que ce sanctuaire, dont leur grand-père est le gardien, est menacé par l'avènement de puissances maléfiques. Ainsi commence le combat de deux enfants contre le mal pour sauver Fablehaven, leur famille... et leur vie.