Reprenant les bases du gameplay de la série, le jeu ajoute quelques nouveautés, comme les actions cachées, les combats de horde ou encore les décisions ultimes qui offrent divers embranchements. Les combats de boss font leur grand retour, et il est possible de jouer en ligne avec les 80 personnages du jeu, ou de se lancer dans l'aventure qui retrace la 4ème grande guerre ninja.