Tout comme ses prédécesseurs, Puzzle Bobble Universe est un puzzle-game qui nous invite à faire éclater des groupes de bulles colorées sur Nintendo 3DS. Le joueur pourra au choix se lancer dans un mode Puzzle comprenant 88 niveaux répartis en 10 zones ou tester ses capacités dans un mode Défi. Une soixantaine de trophées attendent également d'être débloqués tout au long de l'expérience.