En 1960, dans un monde uchronique où les nazis ont gagné la Seconde Guerre mondiale, le vétéran américain B. J. Blazkowicz se réveille, dans un asile, d'un coma découlant d'une blessure reçue lors d'une de ses missions passées. Il doit retourner la situation en s'attaquant aux forteresses et aux super-armes des nazis.