Ghost Dog vit au milieu d'une volée de pigeons, sur le toit d'un immeuble abandonné. Régi par un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui vénère un livre : Hagakure. De même, il reste fidèle à son maître, un maffieux de seconde zone qui lui a sauvé la vie... Il n'a qu'un ami, un vendeur de glaces français qui ne parle pas l'anglais. Il n'a qu'un espoir : cette gamine assoiffée de livres. Quand son code moral est trahi par le dysfonctionnement d'une famille mafieuse qui utilise parfois ses services, il réagit strictement selon la Voie du Samouraï. Et va jusqu'à l'élimination, et les complications, de la Famiglia.