Link doit explorer l'immense pays d'Hyrule et percer le mystère qui l'a plongé dans les ténèbres. Au fil de son aventure, il devra se faire aider par des habitants amicaux, résoudre des énigmes et combattre pour traverser des donjons périlleux. Dans le Royaume du Crépuscule, il devra utiliser ses pouvoirs de loup et la magie de Midna pour faire revenir la lumière dans son pays. Tel est le monde de Zelda...